# Paratope-footprint radius (Å): 10.0 # Temperature of immunization (K): 310.15 # Temperature of immunoassay (K): 277.15 # # Output headers for epitope predictions: # A: Antigen-chain list serial no. # NAA: N-terminal sequence position # CAA: C-terminal sequence position # L: Location: N-/C-/Di-terminal or Internal # Q: Net charge (based on formal-charge counts) # N: Number of AAs in sequence (AA count) # M: Upper bound on N (sequence-dependent) # SPHER: Spherical-volume compaction free-energy penalty (kT) # CIRCUL: Circular-surface collapse free-energy penalty (kT) # KD_IMMUN: Dissociation constant for immunization (mol/L) # KD_ASSAY: Dissociation constant for immunoassay (mol/L) # SEQUENCE: Epitope sequence # ANTIGEN: Antigen sequence # # Predicted most immunodominant epitope/s in query antigen/s: # A NAA CAA L Q N M SPHER CIRCUL KD_IMMUN KD_ASSAY SEQUENCE/ANTIGEN 1 34 43 C -2 10 11 1.397 2.380 9.60e-10 5.17e-11 NQDPDKILTY/LSEIKGVIVHRLEGVLSEIKGVIVHRLEGVGGINQDPDKILTY # Candidate epitope/s in query antigen/s: # A NAA CAA L Q N M SPHER CIRCUL KD_IMMUN KD_ASSAY SEQUENCE 1 1 3 N 0 3 11 0.000 0.000 7.52e-05 2.43e-05 LSE 1 1 4 N 0 4 11 0.000 0.000 5.37e-05 1.66e-05 LSEI 1 1 5 N 1 5 11 0.000 0.000 5.64e-06 1.34e-06 LSEIK 1 1 6 N 1 6 11 0.000 0.000 5.50e-06 1.30e-06 LSEIKG 1 1 7 N 1 7 11 0.343 0.182 6.72e-06 1.53e-06 LSEIKGV 1 1 8 N 1 8 11 0.597 0.588 9.27e-06 2.03e-06 LSEIKGVI 1 1 9 N 1 9 11 0.827 1.281 1.69e-05 3.55e-06 LSEIKGVIV 1 1 10 N 1 10 11 1.039 2.380 3.79e-06 5.71e-07 LSEIKGVIVH 1 1 11 N 2 11 11 1.326 4.171 2.71e-07 2.32e-08 LSEIKGVIVHR 1 2 4 I -1 3 11 0.000 0.000 7.53e-04 3.20e-04 SEI 1 2 5 I 0 4 11 0.000 0.000 7.92e-05 2.57e-05 SEIK 1 2 6 I 0 5 12 0.000 0.000 7.72e-05 2.50e-05 SEIKG 1 2 7 I 0 6 12 0.000 0.000 5.58e-05 1.74e-05 SEIKGV 1 2 8 I 0 7 11 0.240 0.182 6.07e-05 1.82e-05 SEIKGVI 1 2 9 I 0 8 11 0.495 0.588 8.50e-05 2.45e-05 SEIKGVIV 1 2 10 I 0 9 11 0.727 1.281 1.30e-05 2.68e-06 SEIKGVIVH 1 2 11 I 1 10 11 1.031 2.380 4.71e-07 5.54e-08 SEIKGVIVHR 1 2 12 I 1 11 11 1.226 4.171 2.45e-06 2.77e-07 SEIKGVIVHRL 1 3 5 I 0 3 10 0.000 0.000 2.83e-04 1.07e-04 EIK 1 3 6 I 0 4 11 0.000 0.000 2.75e-04 1.04e-04 EIKG 1 3 7 I 0 5 11 0.000 0.000 1.99e-04 7.22e-05 EIKGV 1 3 8 I 0 6 11 0.000 0.000 1.42e-04 4.95e-05 EIKGVI 1 3 9 I 0 7 11 0.232 0.182 1.55e-04 5.21e-05 EIKGVIV 1 3 10 I 0 8 11 0.488 0.588 1.82e-05 4.38e-06 EIKGVIVH 1 3 11 I 1 9 11 0.813 1.281 4.51e-07 6.17e-08 EIKGVIVHR 1 3 12 I 1 10 10 1.023 3.260 2.87e-06 3.77e-07 EIKGVIVHRL 1 3 13 I 0 11 11 1.064 4.171 2.31e-07 2.01e-08 EIKGVIVHRLE 1 4 6 I 1 3 11 0.000 0.000 8.87e-03 5.05e-03 IKG 1 4 7 I 1 4 11 0.000 0.000 6.41e-03 3.51e-03 IKGV 1 4 8 I 1 5 11 0.000 0.000 4.58e-03 2.41e-03 IKGVI 1 4 9 I 1 6 11 0.000 0.000 3.31e-03 1.68e-03 IKGVIV 1 4 10 I 1 7 11 0.371 0.182 3.48e-04 1.26e-04 IKGVIVH 1 4 11 I 2 8 11 0.714 0.588 6.58e-06 1.36e-06 IKGVIVHR 1 4 12 I 2 9 10 0.940 1.650 1.70e-05 3.38e-06 IKGVIVHRL 1 4 13 I 1 10 10 0.995 3.260 2.79e-06 3.67e-07 IKGVIVHRLE 1 4 14 I 1 11 11 1.198 4.171 8.29e-06 1.09e-06 IKGVIVHRLEG 1 5 7 I 1 3 12 0.000 0.000 8.99e-03 5.13e-03 KGV 1 5 8 I 1 4 11 0.000 0.000 6.41e-03 3.51e-03 KGVI 1 5 9 I 1 5 11 0.000 0.000 4.64e-03 2.44e-03 KGVIV 1 5 10 I 1 6 11 0.000 0.000 2.81e-04 1.06e-04 KGVIVH 1 5 11 I 2 7 11 0.427 0.182 4.61e-06 9.93e-07 KGVIVHR 1 5 12 I 2 8 11 0.678 0.588 6.34e-06 1.31e-06 KGVIVHRL 1 5 13 I 1 9 11 0.749 1.281 4.23e-07 5.78e-08 KGVIVHRLE 1 5 14 I 1 10 11 0.969 2.380 1.54e-06 2.10e-07 KGVIVHRLEG 1 5 15 I 1 11 11 1.122 4.171 7.79e-06 1.02e-06 KGVIVHRLEGV 1 6 8 I 0 3 12 0.000 0.000 6.10e-02 4.37e-02 GVI 1 6 9 I 0 4 12 0.000 0.000 4.41e-02 3.04e-02 GVIV 1 6 10 I 0 5 12 0.000 0.000 2.67e-03 1.32e-03 GVIVH 1 6 11 I 1 6 11 0.000 0.000 2.38e-05 6.71e-06 GVIVHR 1 6 12 I 1 7 11 0.346 0.182 2.88e-05 7.80e-06 GVIVHRL 1 6 13 I 0 8 11 0.431 0.588 1.46e-06 2.62e-07 GVIVHRLE 1 6 14 I 0 9 11 0.672 1.281 3.63e-06 6.47e-07 GVIVHRLEG 1 6 15 I 0 10 11 0.837 2.380 9.28e-06 1.59e-06 GVIVHRLEGV 1 6 16 I 0 11 11 1.038 4.171 4.86e-05 8.01e-06 GVIVHRLEGVL 1 7 9 I 0 3 11 0.000 0.000 4.52e-02 3.13e-02 VIV 1 7 10 I 0 4 10 0.000 0.000 2.74e-03 1.36e-03 VIVH 1 7 11 I 1 5 10 0.000 0.000 2.45e-05 6.91e-06 VIVHR 1 7 12 I 1 6 10 0.000 0.000 1.75e-05 4.74e-06 VIVHRL 1 7 13 I 0 7 10 0.171 0.223 8.04e-07 1.44e-07 VIVHRLE 1 7 14 I 0 8 11 0.437 0.588 1.47e-06 2.63e-07 VIVHRLEG 1 7 15 I 0 9 11 0.620 1.281 2.55e-06 4.40e-07 VIVHRLEGV 1 7 16 I 0 10 11 0.837 2.380 6.79e-06 1.12e-06 VIVHRLEGVL 1 7 17 I 0 11 11 1.011 4.171 1.36e-05 1.93e-06 VIVHRLEGVLS 1 8 10 I 0 3 10 0.000 0.000 3.79e-03 1.95e-03 IVH 1 8 11 I 1 4 10 0.000 0.000 3.38e-05 9.94e-06 IVHR 1 8 12 I 1 5 10 0.000 0.000 2.41e-05 6.81e-06 IVHRL 1 8 13 I 0 6 10 0.000 0.000 7.50e-07 1.40e-07 IVHRLE 1 8 14 I 0 7 11 0.178 0.182 1.05e-06 1.95e-07 IVHRLEG 1 8 15 I 0 8 11 0.383 0.588 1.39e-06 2.49e-07 IVHRLEGV 1 8 16 I 0 9 11 0.620 1.281 2.52e-06 4.33e-07 IVHRLEGVL 1 8 17 I 0 10 11 0.809 2.380 2.56e-06 3.78e-07 IVHRLEGVLS 1 8 18 I -1 11 11 1.116 4.171 6.48e-07 6.33e-08 IVHRLEGVLSE 1 9 11 I 1 3 10 0.000 0.000 4.74e-05 1.45e-05 VHR 1 9 12 I 1 4 10 0.000 0.000 3.38e-05 9.94e-06 VHRL 1 9 13 I 0 5 10 0.000 0.000 1.05e-06 2.04e-07 VHRLE 1 9 14 I 0 6 11 0.000 0.000 1.02e-06 1.98e-07 VHRLEG 1 9 15 I 0 7 11 0.121 0.182 1.00e-06 1.87e-07 VHRLEGV 1 9 16 I 0 8 11 0.383 0.588 1.39e-06 2.49e-07 VHRLEGVL 1 9 17 I 0 9 11 0.591 1.281 9.62e-07 1.48e-07 VHRLEGVLS 1 9 18 I -1 10 11 0.915 2.380 1.24e-07 1.26e-08 VHRLEGVLSE 1 9 19 I -1 11 11 1.121 4.171 6.52e-07 6.36e-08 VHRLEGVLSEI 1 10 12 I 1 3 10 0.000 0.000 4.68e-05 1.43e-05 HRL 1 10 13 I 0 4 10 0.000 0.000 1.45e-06 2.93e-07 HRLE 1 10 14 I 0 5 11 0.000 0.000 1.42e-06 2.85e-07 HRLEG 1 10 15 I 0 6 11 0.000 0.000 1.02e-06 1.98e-07 HRLEGV 1 10 16 I 0 7 11 0.162 0.182 1.03e-06 1.92e-07 HRLEGVL 1 10 17 I 0 8 11 0.391 0.588 5.45e-07 8.71e-08 HRLEGVLS 1 10 18 I -1 9 11 0.734 1.281 4.77e-08 5.04e-09 HRLEGVLSE 1 10 19 I -1 10 11 0.954 2.380 1.27e-07 1.29e-08 HRLEGVLSEI 1 10 20 I 0 11 11 1.024 4.171 8.60e-08 6.68e-09 HRLEGVLSEIK 1 11 13 I 0 3 10 0.000 0.000 2.40e-05 6.76e-06 RLE 1 11 14 I 0 4 11 0.000 0.000 2.34e-05 6.57e-06 RLEG 1 11 15 I 0 5 11 0.000 0.000 1.69e-05 4.57e-06 RLEGV 1 11 16 I 0 6 11 0.000 0.000 1.21e-05 3.13e-06 RLEGVL 1 11 17 I 0 7 11 0.132 0.182 4.63e-06 1.03e-06 RLEGVLS 1 11 18 I -1 8 11 0.502 0.588 3.12e-07 4.60e-08 RLEGVLSE 1 11 19 I -1 9 11 0.741 1.281 5.66e-07 8.02e-08 RLEGVLSEI 1 11 20 I 0 10 11 0.824 2.380 1.94e-07 2.10e-08 RLEGVLSEIK 1 11 21 I 0 11 11 1.057 4.171 1.43e-06 1.55e-07 RLEGVLSEIKG 1 12 14 I -1 3 12 0.000 0.000 2.62e-03 1.29e-03 LEG 1 12 15 I -1 4 12 0.000 0.000 1.89e-03 8.97e-04 LEGV 1 12 16 I -1 5 12 0.000 0.000 1.35e-03 6.15e-04 LEGVL 1 12 17 I -1 6 12 0.000 0.000 3.78e-04 1.48e-04 LEGVLS 1 12 18 I -2 7 12 0.411 0.154 2.07e-05 5.35e-06 LEGVLSE 1 12 19 I -2 8 11 0.670 0.588 2.95e-05 7.34e-06 LEGVLSEI 1 12 20 I -1 9 11 0.770 1.281 6.85e-06 1.30e-06 LEGVLSEIK 1 12 21 I -1 10 12 1.016 1.898 1.58e-05 3.00e-06 LEGVLSEIKG 1 12 22 I -1 11 12 1.166 3.150 4.65e-05 8.48e-06 LEGVLSEIKGV 1 13 15 I -1 3 13 0.000 0.000 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